В состав Академического консорциума «Международный Университет Кыргызстана» входит ряд научно-исследовательских подразделений:
- Международный институт гор. Директор: академик НАН КР, профессор Токторалиев Б.А.
- Научно-исследовательский институт этнологии. Директор: к.и.н. Акеров Т.А.
- Научно-образовательный академический комплекс «Горная ассоциация» Директор: профессор Чынгышпаев Ш.М.
- Институт Исламоведения. Директор: к.ф.н. Айдаралиев А.А.
- Международный исследовательский горный центр. Директор: член-корр. НАН КР, проф. Боконбаев К.Д.
- Лаборатория искусственного интеллекта. Заведующий: д.т.н., проф. Миркин Е.Л.
- Порядок организации и проведения научно-исследовательской деятельности в подразделениях Академического консорциума «МУК» регламентируется Положениями о НИР, НИРС, Положениями о структурных подразделениях; определяется планами научно-исследовательской работы.
- Вопросы научно-исследовательской работы отражены в Положениях о кафедрах, отдельным разделом включены в индивидуальные планы работы ППС.